Bannies de leurs habitats que sont les moissons d’hiver sous la pression d’une agriculture plus intensive, les plantes messicoles se sont raréfiées jusqu’à disparaître totalement de certaines régions de France métropolitaine. Alors que les cultures sur sols maigres, vouées à la consommation par le bétail de l'exploitation agricole sont encore des milieux favorables pour elles, à l’autre extrême, les plaines de grande culture ont été désertées par ce groupe de plantes annuelles, noyé dans le vaste ensemble des « mauvaises herbes ». 

Ce qui est frappant dans la réhabilitation de Beauport, c’est l’adaptation d’une méthodologie issue du milieu naturaliste à une problématique monument historique explique Laurence Meiffret, conservatrice. « Avant de bouger la moindre pierre, nous nous sommes livrés à un inventaire exhaustif de la faune et de la flore présentes sur le site. Nous avons étudié le rapport qu’entretenaient le bâti et l’humain. Seulement, il était impensable de mettre au même niveau le cadre naturel et le monument. Il fallait faire un choix.

Chaque site Natura 2000 fait l’objet d’un document d’objectifs. Sa procédure d’élaboration, telle qu’elle est prévue par les textes, laisse une large place à la concertation, dans le but d’aboutir à un document plus négocié qu’imposé. Cette concertation est organisée au travers du comité de pilotage Natura 2000, obligatoirement associé à l’élaboration du document, et dont la composition est arrêtée par le préfet du département (ou le commandant de la région terre si le site relève entièrement du ministère de la Défense).