Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

La mauvaise santé du lapin pose des problèmes pour la conservation de certaines espèces emblématiques. C’est le cas, en zone méditerranéenne (d’où le lapin est originaire), des prédateurs spécialistes ou fortement dépendants, tels le lynx ibérique, l’aigle impérial en Espagne, ou l’aigle de Bonelli en France. C’est également le cas, sur le littoral atlantique, du lézard ocellé qui utilise les terriers du lapin. La baisse de la pression de pâturage du lapin sur la végétation a aussi eu des répercussions sur la biodiversité et la dynamique de certains écosystèmes (dunes, pelouses).

Faire pâturer en hiver, en fin d’été ou toute l’année ? Avec quel chargement ? Faucher au 15 juillet ou à l’automne ? Si le gestionnaire d’un milieu ouvert se pose de nombreuses questions, il n’a pas toujours les moyens de mesurer l’impact de ses choix.

Ce qui est frappant dans la réhabilitation de Beauport, c’est l’adaptation d’une méthodologie issue du milieu naturaliste à une problématique monument historique explique Laurence Meiffret, conservatrice. « Avant de bouger la moindre pierre, nous nous sommes livrés à un inventaire exhaustif de la faune et de la flore présentes sur le site. Nous avons étudié le rapport qu’entretenaient le bâti et l’humain. Seulement, il était impensable de mettre au même niveau le cadre naturel et le monument. Il fallait faire un choix.