Le préfet coordonnateur de bassin voit son rôle renforcé. Il est placé au centre du dispositif institutionnel, pour permettre notamment une meilleure harmonisation entre l’échelon du bassin et l’échelon départemental. Il anime et coordonne l’action des préfets de départements et des régions appartenant au bassin, il doit notamment rendre un avis sur les projets nécessitant une coordination interrégionale, et délimiter les zones vulnérables et les zones sensibles avec l’aide des préfets de département et en concertation avec les différents acteurs concernés.

L'accord est divisé en deux parties. Le texte de l'accord proprement dit présente les principes, le cadre légal et les clauses, tandis que le plan d'actions décrit les opérations de conservation à entreprendre dans différents domaines (conservation des espèces et des habitats, gestion des activités humaines, recherche, suivi, éducation, sensibilisation…). La liste des espèces concernées et leur statut de conservation figurent également en annexe.