Bien qu'elle ne soit pas seule concernée, c'est souvent à la forêt que l'on pense à propos de naturalité, à laquelle sont consacrés des espaces allant d'îlots de sénescence de quelques hectares jusqu'à de plus ou moins grandes réserves intégrales. À leurs différentes échelles spatiales, ces objets se complètent, mais tous ne bénéficient pas d'une même reconnaissance au regard de politiques d'espaces protégés, et leur visibilité s'en ressent d'autant.

En 2007, suite au lancement du chantier d’un barrage EDF jugé inutile sur le Rizzanese, un des derniers fleuves côtiers méditerranéens intacts de Corse, le WWF, ERN, quelques acteurs de la conservation et du monde de la pêche ont lancé un nouvel outil au service de la naturalité des rivières : Rivières Sauvages.

Alors que l'acceptation sociale est invoquée contre les projets de renforcement des populations et les réintroductions, les enquêtes montrent que le public est souvent favorable au retour des espèces.

Les citoyens, comme les pouvoirs publics, portent un regard ambivalent sur le sauvage. Même si certaines études montrent une incontestable demande pour du « sauvage », il serait illusoire de considérer l’opinion publique comme un tout, identique en tous points du territoire national, et plus encore de ne pas prendre en considération qu’elle peut s’exprimer différemment selon le degré de proximité et surtout de fréquentation de l’espace en discussion sur son avenir. 

Depuis 1995, le Parc national de Port-Cros s’est engagé dans la lutte contre une plante exotique envahissante, très dynamique : la griffe de
sorcière. Cette espèce1, originaire d’Afrique du Sud, menace gravement les milieux naturels insulaires. Un universitaire marseillais, le Dr Medail, a d’ailleurs inventorié 27 plantes rares très menacées en Provence par la progression de cette peste végétale. Ces menaces sur le patrimoine végétal des îles d’Hyères motivent d’importantes opérations d’éradication menées par les agents du parc.
L’îlot du petit Langoustier

Lors d’opérations de maîtrise de pestes végétales, les gestionnaires d’espaces naturels se heurtent souvent à l’incompréhension du grand public. Dans certains cas, cela peut même représenter une entrave à l’action. Or, les invasions biologiques constituent à l’échelle planétaire un grave danger pour les espèces indigènes, les habitats naturels et les paysages. Certains milieux naturels sont plus particulièrement touchés comme les zones humides et le littoral. Face à ces menaces, les gestionnaires se doivent d’intervenir de préférence rapidement pour éviter une propagation de ces espèces.

Envisager, d'une manière globale, les problèmes posés par la colonisation d'un site par une plante envahissante, c’est possible… À condition toutefois d'effectuer un diagnostic, préalable à toute proposition d'action. Pour agir efficacement, ce diagnostic doit être établi pour chaque unité de gestion, celle-ci étant entendue comme une surface sur laquelle les conditions de milieu et les usages sont relativement homogènes. Les objectifs et les moyens de gestion de cette unité doivent, eux aussi, être homogènes.

Mal connues et mal aimées des Français, les zones humides semblaient peuplées de moustiques et de farfadets. Pour le grand public, leur assèchement apparaissait presque comme une bénédiction, « mais depuis dix ans ; cette vision a fortement évolué » explique Geneviève Barnaud, présidente du conseil scientifique du PNRZH.

De nombreuses terres, en zones humides, sont exploitées par des agriculteurs : cette catégorie professionnelle est donc placée au cœur des enjeux de conservation. Or, durant les quarante dernières années, l’évolution de ces exploitations est marquée par des stratégies d’intensification et d’agrandissement. Cela se traduit par l’assèchement de ces milieux pour y implanter des cultures de vente et des cultures fourragères, plus productives que les prairies naturelles.

Le principal enjeu de protection porte incontestablement sur les mares prairiales qui renferment l’essentiel de la biodiversité de l’espace rural. Face à l’intensification de la filière élevage et à la transformation des pratiques agricoles, la rapide disparition des mares d’abreuvement se poursuit, voire s’accélère, au gré des modifications de la PAC. À l’inverse, les mares routières et autoroutières sont les championnes de la biodiversité floristique : près de la moitié des espèces patrimoniales y trouvent refuge.