Tout d’abord, la mer est un milieu ouvert impossible à clore ni à isoler. La densité de l’eau salée lui permet de transporter sur de grandes distances, au gré des déplacements des masses d’eaux, les substances nutritives, les larves, des gamètes mais aussi certains éléments polluants.

Même dépourvues de label international, comme c’est le cas pour les aires spécialement protégées d’intérêt méditerranéen, les Aires marines protégées (AMP) ont toujours une légitimité internationale : qu’elles soient créées dans les eaux territoriales ou intérieures françaises avec les outils du droit international (exemple : création en Méditerranée d’un sanctuaire pour les mammifères marins, Pelagos), communautaire (exemple : réseau Natura 2000) ou interne (exemple : Réserves naturelles, Parcs nationaux).

Affirmer qu’un réseau écologique européen cohérent doit s’étendre indifféremment aux zones terrestres et marines semble relever d’une lapalissade. Hélas, la mer reste un milieu bien particulier d’un point de vue juridique et les instruments élaborés initialement dans une optique résolument terrestre tels que la directive Habitats se révèlent difficilement applicables. Au niveau national, la mise en œuvre d’une approche contractuelle constitue l’obstacle principal. Au niveau européen, l’extension du champ d’application de
la directive au-delà de la mer territoriale soulève

Des suivis scientifiques des peuplements ichtyologiques sont réalisés depuis plus de vingt ans dans les bouches de Bonifacio au moyen de deux approches complémentaires : les évaluations in situ et les suivis de la pêche professionnelle. À l’échelle géographique du Parc marin international corso-sarde, les évaluations visuelles de poissons sont réalisées sur vingt et un sites présentant des réglementations diverses (Réserves intégrales, partielles et des zones non réglementées) et des moyens de gestion différents (moyens de surveillance affectés à ces zones).

En mer, le nombre d’espèces actuellement décrites est de l’ordre de 200 000. De ce point de vue, la biodiversité marine est donc très inférieure à la biodiversité continentale. En revanche, on compte vingt-huit phylums1 animaux (dont quatorze exclusivement marins et deux découverts depuis 1980) contre onze en milieu continental (dont un seul est exclusivement continental).
Dégradation
de la biodiversité marine
On ne sait presque rien des virus, des bactéries, des protozoaires, des champignons marins. La situation est semblable en ce qui concerne les parasites.

Dans l’après-guerre, la campagne française se vide de sa population et de grands programmes de reboisement sont entrepris, pour utiliser économiquement les terres abandonnées. Et dans les années soixante-dix, le Morvan se réveille avec la gueule de bois : les Parisiens, fuyant leurs cités pour retrouver la campagne de leur enfance, tombent sur des plantations forestières denses, vert linceul d’un monde révolu.

Pour le scientifique, l’optimum écologique d’une forêt est représenté par la forêt « primaire » : une forêt en équilibre avec son milieu et qui ne souffre d’aucune perturbation anthropique. Le fonctionnement naturel de ces forêts est caractérisé par une lutte permanente entre des arbres et des perturbations telles des inondations, feux, tempêtes… Sous réserve d’être assez vaste, cette forêt permet théoriquement à toutes les espèces qui la composent, à la biodiversité donc, de se maintenir à long terme.

Le bois mort est une composante essentielle des forêts naturelles, souvent absente des forêts gérées. Cette lacune met en difficulté une biodiversité spécifique, riche et originale constituée notamment d’espèces se nourrissant de bois mort (espèces saproxyliques) ou vivant dans les cavités.

Depuis plusieurs années et bien avant la tempête, les gestionnaires de la réserve orientent la gestion en faveur de la dynamique spontanée des essences présentes originellement. Ils cherchent à accélérer les processus de restauration des boisements artificiels vers un type plus naturel. Les clairières à graminées, landes sèches à éricacées et barins2 étant, localement, une composante naturelle du milieu forestier, ils s’efforcent de leur redonner leur place, là où l'homme a planté artificiellement du pin maritime.

Une partie des boisements de la réserve naturelle de l’île de la Platière n’a presque jamais fait l’objet d’intervention sylvicole. Ce diagnostic, effectué notamment par l’étude de cartes en date du 19e siècle, est confirmé par l’observation. La structure forestière est typique des forêts denses : présence de gros arbres, pas de souches visibles, abondance du bois mort. Ce haut degré de naturalité confère, à ces trente hectares, un fort enjeu patrimonial. Dès 1991, le premier plan de gestion vise la mise en place d’une réserve forestière intégrale qui, aujourd’hui, couvre 34 ha 20.

Le principal enjeu de protection porte incontestablement sur les mares prairiales qui renferment l’essentiel de la biodiversité de l’espace rural. Face à l’intensification de la filière élevage et à la transformation des pratiques agricoles, la rapide disparition des mares d’abreuvement se poursuit, voire s’accélère, au gré des modifications de la PAC. À l’inverse, les mares routières et autoroutières sont les championnes de la biodiversité floristique : près de la moitié des espèces patrimoniales y trouvent refuge.