Les évaluations du plan de gestion se résument la plupart du temps en une analyse de l’avancement des opérations (fait, pas fait, engagé, ...). Il manque tout le volet évaluation des résultats de la gestion et tout particulièrement de l’état de conservation du patrimoine naturel. Or, dans le contexte actuel, rendre des comptes sur les finances publiques, par une évaluation continue des résultats de la gestion va devenir une nécessité.

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

Désormais, les inventaires du patrimoine naturel seront plus aisés à mettre en œuvre mais aussi plus transparents. En effet, la collecte des données est maintenant encadrée par l’article L. 411-5 du code de l’environnement issu de la loi n° 2002-276 du 27 février 2002 relative à la démocratie de proximité (JO du 28/02/02). Celui-ci prévoit que « les dispositions de la loi du 29 décembre 1892 sur les dommages causés à la propriété privée par l’exécution des travaux publics sont applicables à l’exécution des opérations nécessaires à la conduite de ces inventaires ».