Le baguage des oiseaux est une opération délicate. Il s’agit d’assurer la capture quelles que soient les conditions météorologiques. Or celles-ci, très changeantes durant la période automnale, rendent difficilement possible la réalisation d’un baguage dont les durées soient identiques d’une année sur l’autre.

Contre la prolifération de l’écrevisse de Louisiane, l’équipe gestionnaire des marais du Vigueirat expérimente une technique de pêche visant à ne pas nuire aux autres espèces. Ni l’emploi de pesticides ni la mise en assecs courts ne sont efficaces contre cette espèce. En revanche, la pêche exerce une pression de prédation qui s’ajoute à celle de nombreux oiseaux. Une pêche spécifique a donc été mise en œuvre en 2005 mais des améliorations techniques ont dû lui être apportées pour ne pas engendrer de « dégâts collatéraux ».