Urbanisation, intensification des pratiques agricoles induisant une disparition des prairies au profit des cultures et la suppression des éléments fixes du paysage (haies, mares, fossés, talus, murets de pierres sèches…), déforestation, enrésinement, gestion en futaie régulière de certains peuplements monospécifiques provoquant des coupes à blanc, fragmentation des milieux naturels par des infrastructures linéaires, manque d’entretien des milieux agro-pastoraux induisant une fermeture des paysages, pollution lumineuse.

A l'instar de la nature, les institutions publiques et les organismes qui oeuvrent pour sa protection sont en mouvement. En juin dernier, le projet de loi relatif à la biodiversité a été examiné par la commission du développement durable de l’Assemblée nationale. C’est la première fois depuis 1976 que la France modernise en profondeur sa législation sur la protection de la nature et sa valorisation.

A côté de programmes mobilisant les réseaux d’amateurs éclairés réunis au sein des associations naturalistes, les sciences participatives proposent aux citoyens, même novices, de produire des données intéressant la science dans le domaine de la biodiversité.
Cette dynamique, arrivée en France au milieu des années 2000, soulève un grand enthousiasme et de nombreux acteurs, dont les gestionnaires d’espaces naturels, réfléchissent à se doter de tels programmes.

Une approche hâtive pourrait amener à penser que la recherche d’économies, à laquelle s’astreignent l’État et ses opérateurs, pourrait se traduire par une moindre efficacité de l’action publique et par une perte de compétence des établissements publics. Adapter les missions aux moyens disponibles, définir de nouvelles priorités, concentrer les moyens sur les enjeux essentiels, tout cela doit au contraire être regardé comme une occasion de gagner en efficacité.

Un développement important de plantations boisées peut contribuer à un mitage de l’espace, à une banalisation des paysages, à un appauvrissement de milieux remarquables ouverts. Parfois même, il en résulte un développement anarchique avec pour conséquence une réduction significative des espaces à vocation agricole. D’autres fois, en revanche, les essences et leur lieu d’implantation contribuent à renforcer une trame écologique.

2005. Quatre communes, dix associations de chasse, un syndicat mixte et un groupement foncier agricole déposent un recours en annulation contre le périmètre Natura 2000 du site de l’étang de Mauguio (Hérault). Motifs : incohérence du périmètre, et absence d’inventaire spécifique préalable. À cette date, le site déjà proposé pour intégrer le réseau Natura 2000 est désigné comme zone de protection spéciale.

Lorsqu’en 2003, non loin de la ville d’Arles, le Rhône inonde les anciens marais des Baux, des acteurs locaux s’interrogent : peut-on aller contre la nature ? Depuis 1960, un pompage électrique permanent assure le drainage de cette zone et, via un système de canaux, rejette l’eau en Méditerranée à cinquante kilomètres de là.
Les surfaces asséchées sont consacrées pour l’essentiel aux grandes cultures. Sur les trois mille hectares du site, seuls deux cents hectares humides – riches d’une biodiversité unique – subsistent encore par la volonté de quelques propriétaires.