Le préfet coordonnateur de bassin voit son rôle renforcé. Il est placé au centre du dispositif institutionnel, pour permettre notamment une meilleure harmonisation entre l’échelon du bassin et l’échelon départemental. Il anime et coordonne l’action des préfets de départements et des régions appartenant au bassin, il doit notamment rendre un avis sur les projets nécessitant une coordination interrégionale, et délimiter les zones vulnérables et les zones sensibles avec l’aide des préfets de département et en concertation avec les différents acteurs concernés.

Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement par un tribunal qui décidera des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil prévoit l'article 6.1 de la Convention de sauvegarde des droits de l'Homme. Or, le 24 avril dernier, la Cour européenne des droits de l’Homme a jugé que l’État français avait violé cette disposition. Ce jugement faisait suite au recours d’un particulier non satisfait du prix d’un bien, fixé dans le cadre d'une procédure, par le juge de l’expropriation.