Le classement dans un zonage du PLU constitue un double enjeu : celui de la qualification de l’espace en question (reconnaissance d’une fonction, d’une valeur) et celui de sa destination affichée. Une parcelle est A (vocation agricole), N (vocation naturelle) ou U (urbanisable). Le vocabulaire binaire A/N du Code de l’urbanisme oppose ces deux qualifications et impose de choisir.

En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.