Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

De nombreux travaux font état des changements dans l’organisation spatiale des paysages. Ils s’appuient pour cela sur une très large gamme de sources anciennes. Cartes postales, photographies aériennes, cadastres ou méthodes issues de l’archéologie permettent de restituer les différents états passés. Mais la difficulté réside dans l’analyse de l’organisation et de la mobilité des paysages car deux problèmes se posent : celui de la connaissance des processus en jeu dans cette transformation et celui des interactions entre ces processus.

La diminution récente de la biodiversité, due à la fragmentation ou à la perte des habitats, à la surexploitation des ressources naturelles et à la pollution, a engendré l’émergence d’une nouvelle discipline au début des années 1980, la biologie de la conservation. Elle se propose d’étudier les effets des activités humaines sur les espèces les plus menacées ainsi que sur les écosystèmes qui les abritent, afin de développer des solutions pour empêcher leur extinction.