Organisés autour de la biodiversité, les observatoires peuvent être qualifiés d'observatoires « de contexte » ou « de société ». Le portage de ces observatoires par des structures impliquant directement des élus locaux (collectivités territoriales, syndicats mixtes...) apparaît comme un facteur de réussite. À ce jour, onze observatoires de la biodiversité à l’échelle de territoires de projet sont dénombrés :

Urbanisation, intensification des pratiques agricoles induisant une disparition des prairies au profit des cultures et la suppression des éléments fixes du paysage (haies, mares, fossés, talus, murets de pierres sèches…), déforestation, enrésinement, gestion en futaie régulière de certains peuplements monospécifiques provoquant des coupes à blanc, fragmentation des milieux naturels par des infrastructures linéaires, manque d’entretien des milieux agro-pastoraux induisant une fermeture des paysages, pollution lumineuse.