Dans un contexte où les pressions sur la biodiversité s’intensifient, le Muséum national d’histoire naturelle s’est engagé depuis plusieurs années auprès d’acteurs et gestionnaires du territoire, afin de les accompagner dans l’identification et la hiérarchisation des enjeux de biodiversité. L’IQE, en évaluant la biodiversité et la fonctionnalité écologique à l'échelle d'un site, vise trois grands objectifs :

Sites d'intérêt communautaire, réservoirs de biodiversité, corridors écologiques… quels que soient les termes utilisés, l'objectif poursuivi est le même : préserver la biodiversité dans un contexte de développement durable des territoires. D’un côté, on vise la préservation de la biodiversité considérée comme remarquable à l'echelle européenne via la création d’un réseau de sites, de l’autre, on cible la protection de la biodiversité dans son ensemble en s’appuyant sur les continuités écologiques pour répondre à la problématique de la fragmentation ; deux objectifs proches