Les écosystèmes lagunaires, situés à l'interface entre milieux continental et marin, sur des linéaires côtiers de plus en plus anthropisés, constituent des sites sensibles, particulièrement sujets aux pollutions chimiques, qu'elles soient diffuses ou ponctuelles. Leur confinement accentue en effet le risque d'impact de polluants chimiques sur leurs écosystèmes. Dans ce contexte, la question des contaminants, et de leurs effets sur les écosystèmes littoraux, doit être placée au centre des préoccupations autant politiques que scientifiques. 

La thématique de l’évaluation de l’état de conservation a fait son entrée en scène dans le monde des gestionnaires d’espaces naturels par la directive Habitats. Cependant, la commission scientifique de Réserves naturelles de France conclut que cette approche Natura 2000 mérite d’être complétée. En effet, un gestionnaire de réserve doit s’intéresser à tous les habitats existants dans l’aire protégée, certains pouvant avoir une forte valeur patrimoniale sans pour autant être visés par la directive.

Elaborée par le Muséum national d’histoire naturelle, une série de méthodes à destination des gestionnaires de sites Natura 2000 permet d’évaluer l’état de conservation des habitats d’intérêt communautaire. Les comités de pilotage peuvent ainsi se saisir de cette base scientifique pour établir leurs objectifs de conservation. Parmi ces méthodes, une version finalisée début 2012, concerne deux des principaux habitats agropastoraux d’intérêt communautaire présents dans les espaces naturels, à savoir les pelouses calcicoles et les prairies de fauche.

Confronté à un sujet que l’on ne maîtrise pas, l’alternative qui se présente est soit de suivre une méthode préétablie, un peu comme ces notices qui permettent de monter ses meubles sans être menuisier, soit de faire appel à quelqu’un de compétent pour résoudre le problème à sa place. Le dire d’expert relève du second cas : on fera appel à quelqu’un que l’on juge compétent dans le domaine concerné pour qu’il donne son avis et ses conseils.