Selon la circulaire ministérielle du 6 septembre 2005, « les loisirs motorisés ont un impact fort sur les milieux naturels : bruit, dérangement de la faune, destruction de la flore… ». C’est sur ces fondements, les atteintes à la biodiversité et aux équilibres écologiques, que les réglementations protectrices de la nature sont le plus souvent adoptées. Ces textes se réfèrent à des données scientifiques, quantifiables et mesurables, et par là « objectives ».

Les pollutions accidentelles type marée noire ont un impact important sur l’avifaune marine. Suite à la catastrophe de l’Érika, le Conservatoire du littoral a proposé à la fondation Total Fina Elf de développer un programme de réhabilitation des îles et îlots bretons favorables à la nidification des oiseaux marins. Depuis 2002, onze sites sont concernés par ce programme qui vise la restauration de la végétation suite à l’abandon des pratiques agricoles et à l’accumulation de déchets, mais également l’élimination d’espèces introduites1.