Le ré-ensauvagement doit permettre aux écosystèmes de retrouver le maximum de leur fonctionnalité, avec les espèces et les habitats qui les caractérisent. Cette approche est en partie une réponse à deux changements majeurs dans les relations entre l’homme et la nature. En premier lieu, la notion de protection qui a permis à des espèces autrefois persécutées comme les rapaces et les grands prédateurs, de revenir donner vie à des territoires devenus simples paysages.

L’évolution darwinienne des organismes est à l’origine de toute la biodiversité et continue à opérer. Cette évolution joue un rôle particulier parmi l’ensemble des processus gouvernant les dynamiques écologiques. D’une part, les changements évolutifs déterminent les caractéristiques des organismes, leur phénotype (les traits que l’on voit comme, par exemple, leur taille, leur stratégie de reproduction) et, indirectement, les relations qu’ils nouent avec d'autres organismes.