Couramment utilisé, le nettoyage mécanique des plages aboutit à prélever une partie ou la totalité des laisses de mer (voir encart). Il provoque un appauvrissement de la richesse biologique, un déséquilibre du stock sédimentaire ; il peut accélérer l’érosion côtière…
Devant ce constat, une réflexion est menée depuis 20041. Elle vise à définir un protocole et des outils méthodologiques pour la mise en œuvre d’un nettoyage raisonné des plages2.

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

À peine une trentaine d’étalons ! Les chevaux de la race trait du Nord1, qui étaient utilisés pour les travaux agricoles, tendent à disparaître. Il faut trois années et nombre d’approbations avant qu’un étalon soit reconnu « reproducteur », la majorité des éleveurs préfèrent alors diriger les jeunes mâles (80 %) vers l’abattoir.

Dès sa création en 1980, la mission du Paysage a été l’objet d’hostilité de la part des autres services de l’État. Nos collègues de l’Agriculture nous expliquaient que le paysage n’était que la conséquence mécanique des activités économiques sur le territoire. Les architectes-paysagistes n’étaient guère plus coopératifs.

Concilier les enjeux de paysage et de biodiversité… Tel fut l’objectif du Parc naturel régional Normandie-Maine, opérateur Natura 2000, lors des travaux de restauration de la lande sèche sur le versant du Haut Fourché situé au sein des Alpes mancelles1 .
Les faits débutent en 2003 alors qu’un incendie se déclare, dévastant en partie la pinède et laissant place à un paysage de désolation. L’année suivante, après validation du document d’objectifs, le parc propose, à titre expérimental, de réhabiliter trois hectares de lande.

Avec des vents dépassant les 210 km/h, la tempête de 1999 provoque des dégâts considérables sur l’ensemble de la façade ouest-atlantique française. À Bourcefranc-le-Chapus, le Petit bois de pins n’est pas épargné. Non seulement de très nombreux sujets – des pins maritimes de plus de 70 ans – sont arrachés instantanément, mais la salinisation superficielle entraîne le dépérissement de bon nombre de chênes.

Combiné parfois au débroussaillage, à la fauche ou à la remise en cultures, le pâturage apparaît comme le moyen le plus efficace pour maintenir à moindre coût les espaces ouverts : les plus riches en espèces. Or, a priori, la gestion des milieux par le pâturage devrait être favorable à de nombreux invertébrés, en particulier les insectes coprophages. Dans les systèmes pâturés, la production fourragère dépend assez étroitement du recyclage de la matière organique produite et de la quantité d’éléments minéraux disponibles.

Qu’elles soient considérées comme outil permettant le contrôle du couvert végétal dans les aires protégées ou comme ressource d’exploitation des espaces naturels, les pratiques pastorales sont depuis quelques années un instrument clé dans la gestion des milieux naturels et souvent préférées aux opérations mécaniques. Fréquemment, ce sont les impacts du pâturage sur la biodiversité qui sont en question, tel troupeau favorisant telle espèce, tel autre étant néfaste à une autre espèce.

Depuis bientôt un siècle, dans un contexte de déprise agricole généralisée, on constate un appauvrissement de la variété des paysages montagnards méditerranéens. Sous l’effet de la déprise et de l’évolution des pratiques pastorales, les paysages ouverts entretenus autrefois par l’homme et son troupeau laissent place à des milieux de plus en plus embroussaillés et forestiers, provoquant une modification des écosystèmes ouverts.

Depuis vingt ans, les Conservatoires d’espaces naturels élaborent des projets de gestion agropastorale dans lesquels le partenariat avec les agriculteurs est un objectif clairement affirmé. Pourtant, lorsque les contraintes techniques ou socio-économiques locales ne permettent pas d’associer un exploitant agricole, la concrétisation du pâturage doit parfois s’appliquer en régie. Les deux formes de gestion nécessitent une approche préalable, qui doit toujours intégrer les enjeux techniques, administratifs et financiers permettant de développer des systèmes durables.

Espace naturel comtois a intégré une filière courte avec une supérette de la commune. La gestion de l’abattage est réalisée par le boucher, les agneaux étant vendus vivants, ce qui permet d’éviter les charges de fonctionnement inhérentes à l’abattage (véhicules adaptés, distance de l’abattoir…), tout en tirant un meilleur profit de la vente que par une filière classique. Par ailleurs, l’origine des produits est mise en avant avec une vente sous l’appellation « Agneaux des pelouses de Champlitte », valorisant ainsi la gestion effectuée sur les pelouses sèches.

Suite au programme Life « Tourbières de Midi-Pyrénées »,
le Conservatoire des espaces naturels a initié une organisation offrant de l’aide aux propriétaires ou gestionnaires de tourbières désireux de préserver les intérêts patrimoniaux et fonctionnels de ces zones humides.
Le réseau Sagne prend la forme d'une assistance technique.
Ainsi, depuis 2004, ce sont
250 hectares d’habitats tourbeux qui sont suivis, à savoir 5 % des surfaces de tourbières connues. Celles-ci forment