Concerté, discuté, volontaire… le mode de gouvernance des vastes territoires Natura 2000 offre aux collectivités territoriales un rôle prépondérant. Le législateur a marqué sa confiance aux acteurs locaux pour atteindre les objectifs de maintien ou de rétablissement dans un état de conservation favorable des habitats naturels et des espèces présents dans les sites Natura 2000. Cette confiance a pris corps en 2001 avec la mise en place des comités de pilotage, outil innovant