En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.

Désormais, les inventaires du patrimoine naturel seront plus aisés à mettre en œuvre mais aussi plus transparents. En effet, la collecte des données est maintenant encadrée par l’article L. 411-5 du code de l’environnement issu de la loi n° 2002-276 du 27 février 2002 relative à la démocratie de proximité (JO du 28/02/02). Celui-ci prévoit que « les dispositions de la loi du 29 décembre 1892 sur les dommages causés à la propriété privée par l’exécution des travaux publics sont applicables à l’exécution des opérations nécessaires à la conduite de ces inventaires ».