En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.

Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement par un tribunal qui décidera des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil prévoit l'article 6.1 de la Convention de sauvegarde des droits de l'Homme. Or, le 24 avril dernier, la Cour européenne des droits de l’Homme a jugé que l’État français avait violé cette disposition. Ce jugement faisait suite au recours d’un particulier non satisfait du prix d’un bien, fixé dans le cadre d'une procédure, par le juge de l’expropriation.