L’évolution darwinienne des organismes est à l’origine de toute la biodiversité et continue à opérer. Cette évolution joue un rôle particulier parmi l’ensemble des processus gouvernant les dynamiques écologiques. D’une part, les changements évolutifs déterminent les caractéristiques des organismes, leur phénotype (les traits que l’on voit comme, par exemple, leur taille, leur stratégie de reproduction) et, indirectement, les relations qu’ils nouent avec d'autres organismes.

L’expression « bon état écologique » a été popularisée par la directive cadre sur l’eau1. Elle est trop souvent présentée comme un terme normatif : l’état de référence « pristine2 », qui précéderait toute intervention humaine. Cependant, comme cet état n’existe plus, on se réfère aux milieux qui sont supposés les moins perturbés, mesurés par leur « gradient de naturalité ». En réalité, le « bon état écologique » est une construction sociale qui évolue sans cesse. Ce n’est pas l’état figé d’un écosystème, c’est au contraire un état dynamique qui préserve des fonctions clés de l’écosystème.