Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Désormais, les inventaires du patrimoine naturel seront plus aisés à mettre en œuvre mais aussi plus transparents. En effet, la collecte des données est maintenant encadrée par l’article L. 411-5 du code de l’environnement issu de la loi n° 2002-276 du 27 février 2002 relative à la démocratie de proximité (JO du 28/02/02). Celui-ci prévoit que « les dispositions de la loi du 29 décembre 1892 sur les dommages causés à la propriété privée par l’exécution des travaux publics sont applicables à l’exécution des opérations nécessaires à la conduite de ces inventaires ».