Les propriétaires doivent doter leurs forêts de garanties de gestion durable. Autrement dit, les forêts doivent en principe être gérées conformément à un document de gestion forestière établi sur vingtans (document d'aménagement en forêt publique relevant du régime forestier ou plan simple de gestion dans les forêts des particuliers de plus de 25 ha¹). En particulier en forêt publique, l’enjeu est d’arriver à trouver l’équilibre entre les fonctions écologique, économique, sociale et de protection des risques, équilibre qui peut être très différent d’une forêt à l’autre.

En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.

Rhône-Alpes innove depuis 2009 en complétant le SINP par un troisième pôle : le pôle gestion des milieux naturels. Lancée en 2006, la stratégie de la Région Rhône-Alpes1 en faveur du patrimoine naturel s’inscrit dans celle, nationale, du « Système d’information sur la nature et les paysages » (SINP). Elle prévoit la mise en place de pôles d’information flore-habitats et faune.

Les étangs de Brenne connaissent une activité piscicole économiquement fragile. Activité néanmoins essentielle car ils sont tous issus de la main de l’homme. Les premiers furent créés pour la production de poisson à partir du haut-moyen âge. L’étang doit ainsi être continuellement géré, entretenu, sous peine de se combler et de disparaître, et avec lui les espèces qui lui sont liées.