En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.

Les contrats d’objectifs concernent les administrations et les établissements sous tutelle d’État. Fin 2001, 38 % de ces établissements avaient contractualisé leurs relations avec l’État et cette pratique tend encore à se généraliser.
Effectivement elle comporte nombre d’avantages parmi lesquels un meilleur pilotage de l’action publique en toute transparence.
Le principe général consiste à encadrer la plus grande autonomie de gestion qui sera accordée en 2006 aux établissements de l’État par la loi d’orientation et de finance (la LOLF).