Réunir dans un seul document un ensemble de données, les analyser, les cartographier… L’atlas de la biodiversité ou du patrimoine naturel, puisqu’il s’agit de lui, n’est pas un « dossier de plus » mais un outil d’aide à la décision. Plus de cinq cents communes françaises se sont déjà laissées séduire. Les structures ayant un rôle d’accompagnement dans la gestion des territoires et dans la sensibilisation à l’environnement sont souvent à l’initiative de tels projets.

Dans de nombreux cas, gestionnaires et scientifiques collaborent. Pour autant, une question demeure : à quelles conditions un programme scientifique peut-il être entrepris ? Ne risque-t-il pas d’interférer avec les objectifs de l’espace protégé ? En effet, il n’est pas rare que prévale une démarche laissant entendre que « connaître, c’est déjà protéger », cette préséance de la connaissance ne va pas de soi. Il serait judicieux d’adopter un principe de protection.

Les atlas de paysages constituent l’outil d’identification et de qualification des paysages retenu par la France. Initié en 1994, ce programme mis en œuvre par le ministère en charge des paysages vise à faire en sorte que les services de l’État et les collectivités territoriales (conseil général et conseil régional essentiellement) réalisent ensemble un « état des lieux partagé » pour chacun des départements français. Ces documents de référence représentent une occasion d’intégrer le paysage dans les politiques sectorielles.

La question de l’opérationnalité de la phytosociologie fait débat auprès des lecteurs (et auteurs) d’Espaces naturels :
− dans un article du numéro 20 (octobre 2007), Marc Cheylan ne lui reconnaissait qu’une efficacité d’outil cartographique pour décrire la composition des communautés végétales ;