Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

La gestion des milieux naturels se construit de plus en plus avec la participation active des différents acteurs concernés : collectivités, usagers, associations de protection… La gestion forestière n’échappe pas à cette nécessité, y compris dans les forêts à forte vocation productive.

Avec ce label, il s’agit pour l’Office national des forêts de consacrer les valeurs patrimoniales des sites forestiers : biodiversité, paysages, éléments culturels et sylvicoles. Ces territoires constituent des lieux privilégiés pour l’innovation et l’expérimentation de nouvelles pratiques d’accueil et de tourisme, de gestion des milieux ou de sylviculture. L’attribution du label Forêt d’Exception repose donc aussi sur la qualité des projets menés en partenariat et réalisés dans le respect des lieux.

Le préfet coordonnateur de bassin voit son rôle renforcé. Il est placé au centre du dispositif institutionnel, pour permettre notamment une meilleure harmonisation entre l’échelon du bassin et l’échelon départemental. Il anime et coordonne l’action des préfets de départements et des régions appartenant au bassin, il doit notamment rendre un avis sur les projets nécessitant une coordination interrégionale, et délimiter les zones vulnérables et les zones sensibles avec l’aide des préfets de département et en concertation avec les différents acteurs concernés.