Le principal impact réside dans la fragmentation des milieux que ces installations peuvent entraîner. « Un barrage de quelques dizaines de centimètres de hauteur sur un cours d’eau peut bloquer la remontée de certaines espèces et ainsi compromettre la colonisation des milieux en amont », avance à ce sujet Pierre Sagnes de l’Agence française pour la biodiversité (AFB). Le problème se pose surtout pour les espèces migratrices qui doivent rejoindre une portion précise du cours d’eau afin d’accomplir leur reproduction.