Quand, en 2002, la Communauté d’agglomération de Nice-Côte d’Azur décide de s’impliquer dans la mise en œuvre de Natura 2000, elle cherche principalement à répondre à des préoccupations environnementales. Elle propose sa candidature auprès de l’État pour être l’opérateur du site des Vallons obscurs afin de suivre au plus près les autres documents d’objectifs de son territoire, à savoir deux Zones de
protection spéciale et cinq Sites d’intérêt communautaire.