VVivant dans les tourbières de transition, la Saxifrage oeil-de-bouc trouve son optimum dans les milieux pauvres en nutriments avec une circulation permanente d’eau moyennement minéralisée. Hyperspécialisée et faiblement compétitive, cette espèce n’aime ni l’excès, ni le manque d’eau, ce qui la rend particulièrement fragile. Lorsque la nappe d’eau est haute, certaines espèces à croissance rapide comme les sphaignes, finissent par la faire disparaître. Si, au contraire, la nappe est trop basse, ce sont les graminées qui prennent le dessus en l’étouffant.