Le point de départ du processus de rapprochement entre les politiques agricoles et environnementales a pour origine le règlement de l'Union européenne de 1992 qui rend obligatoire les mesures agro-environnementales. La loi d'orientation agricole de 1999 confirme cette évolution en précisant que « la politique agricole prend en compte la préservation des ressources naturelles, la biodiversité et l'entretien des paysages ».

Contre la prolifération de l’écrevisse de Louisiane, l’équipe gestionnaire des marais du Vigueirat expérimente une technique de pêche visant à ne pas nuire aux autres espèces. Ni l’emploi de pesticides ni la mise en assecs courts ne sont efficaces contre cette espèce. En revanche, la pêche exerce une pression de prédation qui s’ajoute à celle de nombreux oiseaux. Une pêche spécifique a donc été mise en œuvre en 2005 mais des améliorations techniques ont dû lui être apportées pour ne pas engendrer de « dégâts collatéraux ».