Le principal enjeu de protection porte incontestablement sur les mares prairiales qui renferment l’essentiel de la biodiversité de l’espace rural. Face à l’intensification de la filière élevage et à la transformation des pratiques agricoles, la rapide disparition des mares d’abreuvement se poursuit, voire s’accélère, au gré des modifications de la PAC. À l’inverse, les mares routières et autoroutières sont les championnes de la biodiversité floristique : près de la moitié des espèces patrimoniales y trouvent refuge.