Le principal enjeu de protection porte incontestablement sur les mares prairiales qui renferment l’essentiel de la biodiversité de l’espace rural. Face à l’intensification de la filière élevage et à la transformation des pratiques agricoles, la rapide disparition des mares d’abreuvement se poursuit, voire s’accélère, au gré des modifications de la PAC. À l’inverse, les mares routières et autoroutières sont les championnes de la biodiversité floristique : près de la moitié des espèces patrimoniales y trouvent refuge. Il s’agit là d’un étonnant constat qui donne aux gestionnaires des infrastructures de transports routiers d’indéniables responsabilités, alors même qu’ils n’ont aucune conscience de la valeur biologique de l’objet, perçu et géré uniquement comme remplissant des fonctions épuratoires ou de rétention des eaux. Les fonctions de ces mares les préservent de l’abandon ou du comblement, même si, à terme, la concentration de polluants dans ces bassins risque de nuire à la qualité du milieu.
Les mares de lisière et de coupe, très riches en espèces banales et patrimoniales, reflètent les potentialités des mares de feuillus et de taillis. Les milieux forestiers fermés sont peu favorables, par manque d’éclairement, au développement de la biodiversité sur de petites surfaces en eau. À ce titre, le gestionnaire de l’espace forestier reste le garant du maintien de la richesse de ces micro-zones humides.
Les mares de chemin, de lande et friche ou à l’extérieur des bâtiments isolés sont essentiellement affectées par la perte d’usages. Sans fonction, elles sont comblées naturellement ou par des dépôts divers malgré leur forte participation à la qualité biologique des espaces ruraux. L’activité cynégétique a d’évidence un rôle à jouer dans le maintien de ces petits lieux d’eau.
Les mares à l’intérieur des bâtiments présentent des potentialités fortes par le biais des jardins. L’engouement du grand public pour les petites pièces d’eau favorise leur réutilisation ou leur creusement autour des habitations. Mais l’implantation d’espèces exotiques et un entretien intensif des berges limitent pourtant leur richesse. Au même titre, les mares au cœur des villages, converties en plans d’eau ornementaux, sont particulièrement menacées par une banalisation irréversible de leur biodiversité. Avec les mares de champs et les mares en périphérie des villages qui ont perdu leur usage d’abreuvoir, elles constituent une catégorie sensible aux dégradations.