Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Adoptée le 14 avril 2006, la loi repense la structure des Parcs nationaux. Elle modifie ces établissements publics dans leurs dimensions institutionnelle comme territoriale ; elle touche également à leurs compétences et leurs moyens d’actions. Concernant le pastoralisme, observons, d’une part, que la loi confirme son statut d’activité privilégiée au sein des Parcs nationaux. Et, d’autre part, qu’elle modifie sensiblement les instruments dont les Parcs disposaient pour le réglementer.

Depuis 1995, on recense plus de quatre-vingts recours contre des projets d’aménagement du territoire dans des zones inventoriées en Znieff (Zone naturelle d’intérêt écologique, faunistique et floristique). L’analyse de ces recours nous informe que cette jurisprudence n’est pas encore stabilisée. Pour le juge administratif, le fait qu’un espace ait été répertorié en Znieff (inventaire des richesses du patrimoine naturel national), n’atteste pas toujours de son réel intérêt écologique.