Le premier défi des aires marines gérées localement est de concilier sécurité alimentaire et conservation de la biodiversité. En effet, de nombreuses personnes dépendent de la pêche comme principale activité de subsistance. Les solutions envisagées pour réduire la pression de la pêcherie traditionnelle sur les écosystèmes (surexploitation, pêche à la dynamite, etc.) doivent prendre en compte également la lutte contre la pauvreté. Or la course à la création de réserves marines ou de parcs protégés soulève des questions sur leur efficacité et leur éthique.