On parle d'équivalence écologique dans le contexte de la séquence « Éviter, Réduire, Compenser ». Dans l'objectif de « non perte nette » (cf. Espaces naturels n°49), il est nécessaire de mesurer si les gains des mesures compensatoires sont équivalents aux pertes de biodiversité dues aux impacts. Plusieurs aspects sont à considérer pour ce faire.

Pour favoriser la prise en compte de la biodiversité sur un territoire et fédérer des usagers autour d’un projet, il faut d'abord éclaircir la notion centrale d’enjeu biodiversité. Au-delà de la définition au sens strict de « ce que l’on peut gagner ou perdre », parler d’un enjeu biodiversité renvoie à des questionnements plus abstraits. Ont été interrogées des institutions de référence dans le domaine de la gestion et de la conservation de la biodiversité*. Cette étude sémantique a suscité plus de questionnements que d’opinions claires et d’avis tranchés.

Chacun souhaite conserver le bois mort, connaître l’ancienneté des boisements et apprécier les menaces qui, sans ces éléments, pèseraient sur la biodiversité. Dans ce but, le gestionnaire se tourne vers des recherches historiques et descriptives : cartes anciennes, indice de biodiversité potentielle, protocoles Frene et WWF. Il examine également les bioindicateurs qui jouent un rôle de premier plan pour détecter et valider des sites d’intérêt.

Contre la prolifération de l’écrevisse de Louisiane, l’équipe gestionnaire des marais du Vigueirat expérimente une technique de pêche visant à ne pas nuire aux autres espèces. Ni l’emploi de pesticides ni la mise en assecs courts ne sont efficaces contre cette espèce. En revanche, la pêche exerce une pression de prédation qui s’ajoute à celle de nombreux oiseaux. Une pêche spécifique a donc été mise en œuvre en 2005 mais des améliorations techniques ont dû lui être apportées pour ne pas engendrer de « dégâts collatéraux ».