Le classement dans un zonage du PLU constitue un double enjeu : celui de la qualification de l’espace en question (reconnaissance d’une fonction, d’une valeur) et celui de sa destination affichée. Une parcelle est A (vocation agricole), N (vocation naturelle) ou U (urbanisable). Le vocabulaire binaire A/N du Code de l’urbanisme oppose ces deux qualifications et impose de choisir.

Le préfet coordonnateur de bassin voit son rôle renforcé. Il est placé au centre du dispositif institutionnel, pour permettre notamment une meilleure harmonisation entre l’échelon du bassin et l’échelon départemental. Il anime et coordonne l’action des préfets de départements et des régions appartenant au bassin, il doit notamment rendre un avis sur les projets nécessitant une coordination interrégionale, et délimiter les zones vulnérables et les zones sensibles avec l’aide des préfets de département et en concertation avec les différents acteurs concernés.

Depuis 1995, on recense plus de quatre-vingts recours contre des projets d’aménagement du territoire dans des zones inventoriées en Znieff (Zone naturelle d’intérêt écologique, faunistique et floristique). L’analyse de ces recours nous informe que cette jurisprudence n’est pas encore stabilisée. Pour le juge administratif, le fait qu’un espace ait été répertorié en Znieff (inventaire des richesses du patrimoine naturel national), n’atteste pas toujours de son réel intérêt écologique.

Les espaces protégés participent à la connaissance et à la gestion des ongulés sauvages en organisant régulièrement des opérations de comptage. Les méthodes utilisées actuellement sont basées sur le principe du pointage suivant des protocoles mis au point à la fin des années 70 : le territoire est découpé en quartiers de comptages et prospecté de façon identique à chaque opération suivant un rythme annuel ou pluri-annuel.