La loi confie aux régions la responsabilité d’élaborer et mettre en œuvre les Stratégies régionales pour la biodiversité (SRB) en lien avec les politiques de l’État. Depuis la première Stratégie nationale pour la biodiversité de 2004, deux générations de SRB se sont succédées. La loi Biodiversité de 2016 marque le changement avec les SRB dites « nouvelle génération » qui s’accompagnent de principes nouveaux visant à en faire des cadres d’actions ambitieux et intégrateurs.

La tempête Xynthia, par les dégâts humains et économiques générés sur le littoral atlantique, a déclenché une politique publique de défense contre les inondations (Programmes d’actions et de préventions des inondations, Plan submersions rapides). La baie de l’Aiguillon est une vaste surface de vasières et de prés salés accueillant de nombreux oiseaux d’eau migrateurs et hivernants située à l’aval du Marais poitevin. Elle est bordée de digues dont un linéaire important est intégré dans le périmètre de la réserve.