En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.

La gestion de l’eau et des milieux aquatiques ainsi que la prévention des inondations (Gemapi) est une compétence partagée aujourd’hui et sur une base facultative entre les différentes collectivités territoriales et leurs groupements.

Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Les nouvelles technologies de l’information et de la communication (NTIC) permettent de rendre l’information accessible d’à peu près n’importe où. Pour le promeneur, c’est la possibilité d’être introduit dans le monde de la biodiversité ordinaire. Pour le gestionnaire ou le scientifique, c’est la possibilité d’emmener sur le terrain des outils d’analyse qui affineront son expertise. Nous n’en sommes qu’aux balbutiements et si les applications NTIC paraissent séduisantes, il convient de les aborder avec recul pour limiter les erreurs liées à l’innovation.