Le fonctionnement du littoral camarguais a été perturbé par les nombreux aménagements sur le Rhône et son bassin versant (barrages, endiguement), ainsi que sur le littoral avec la multiplication des ouvrages de défense contre l’érosion.

La tempête Xynthia, par les dégâts humains et économiques générés sur le littoral atlantique, a déclenché une politique publique de défense contre les inondations (Programmes d’actions et de préventions des inondations, Plan submersions rapides). La baie de l’Aiguillon est une vaste surface de vasières et de prés salés accueillant de nombreux oiseaux d’eau migrateurs et hivernants située à l’aval du Marais poitevin. Elle est bordée de digues dont un linéaire important est intégré dans le périmètre de la réserve.