VVivant dans les tourbières de transition, la Saxifrage oeil-de-bouc trouve son optimum dans les milieux pauvres en nutriments avec une circulation permanente d’eau moyennement minéralisée. Hyperspécialisée et faiblement compétitive, cette espèce n’aime ni l’excès, ni le manque d’eau, ce qui la rend particulièrement fragile. Lorsque la nappe d’eau est haute, certaines espèces à croissance rapide comme les sphaignes, finissent par la faire disparaître. Si, au contraire, la nappe est trop basse, ce sont les graminées qui prennent le dessus en l’étouffant.

Bannies de leurs habitats que sont les moissons d’hiver sous la pression d’une agriculture plus intensive, les plantes messicoles se sont raréfiées jusqu’à disparaître totalement de certaines régions de France métropolitaine. Alors que les cultures sur sols maigres, vouées à la consommation par le bétail de l'exploitation agricole sont encore des milieux favorables pour elles, à l’autre extrême, les plaines de grande culture ont été désertées par ce groupe de plantes annuelles, noyé dans le vaste ensemble des « mauvaises herbes ».