Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

Depuis plusieurs années, l'Onema contribue à la formation des agents de la direction des routes du département de l'Hérault. Pourtant le premier contact, en juillet 2011, avait de quoi refroidir : les services départementaux de l'Onema de l'Hérault et du Tarn intervenaient pour constater une infraction de remblaiement d'une zone humide de type tourbière à la Salvetat-sur-Agoût avec destruction des habitats d'espèces protégées (Drosera roduntifolia).

En Rhône-Alpes, la stratégie de préservation des pelouses sèches prévoit l’inventaire de ces milieux. Ils sont généralement réalisés par photo-interprétation puis par vérification sur le terrain.En sud Ardèche, où ces milieux ouverts et secs sont très répandus, la réalisation d’un inventaire par télédétection a été expérimentée en 2013, dans le cadre d’une collaboration entre le Cermosem (Université Joseph Fourier) et le Conservatoire d’espaces naturels Rhône-Alpes. Cette démarche était ambitieuse car ces milieux sont très hétérogènes en termes de physionomie de végétation.

Mettre en oeuvre une démarche d’évaluation de l’état de conservation des habitats est requis dans une diversité de contextes, que ce soit pour répondre à la demande européenne ou dans le cadre des plans de gestion des espaces qui y sont soumis. Dans le cadre de la directive Habitat, les critères d’évaluation font référence à l’aire de répartition naturelle, aux évolutions de la surface de l’habitat, à l’état de conservation des espèces caractéristiques (structure et fonctionnement) et aux pressions.