Les écosystèmes lagunaires, situés à l'interface entre milieux continental et marin, sur des linéaires côtiers de plus en plus anthropisés, constituent des sites sensibles, particulièrement sujets aux pollutions chimiques, qu'elles soient diffuses ou ponctuelles. Leur confinement accentue en effet le risque d'impact de polluants chimiques sur leurs écosystèmes. Dans ce contexte, la question des contaminants, et de leurs effets sur les écosystèmes littoraux, doit être placée au centre des préoccupations autant politiques que scientifiques. 

Natura 2000 est une façon novatrice d’aborder la conservation de la nature, que nous considérons comme très positive. Mais la jeunesse de cette procédure fait que tout n’est pas encore calé. Pour notre part, nous avons rencontré des difficultés d’ordre administratif. Les obstacles les plus importants ont été relatifs au financement des interventions : comment faire coïncider les actions prévues au Docob et les cadres réglementaires actuels qui fixent la liste des mesures éligibles au contrat Natura 2000 ?

Quand, en 2002, la Communauté d’agglomération de Nice-Côte d’Azur décide de s’impliquer dans la mise en œuvre de Natura 2000, elle cherche principalement à répondre à des préoccupations environnementales. Elle propose sa candidature auprès de l’État pour être l’opérateur du site des Vallons obscurs afin de suivre au plus près les autres documents d’objectifs de son territoire, à savoir deux Zones de
protection spéciale et cinq Sites d’intérêt communautaire.

Catherine Teyssier qui œuvre à la direction générale de la Forêt et des affaires rurales explique : « Parmi les fonds européens permettant de financer les actions Natura 2000, le principal s’avère être le Feader, lequel s’appuie sur le second pilier de la Pac. Le budget alloué à la France pour sa concrétisation sur la période 2007-2013 s’élève à 6,44 milliards d’euros. »