Dans un contexte où les pressions sur la biodiversité s’intensifient, le Muséum national d’histoire naturelle s’est engagé depuis plusieurs années auprès d’acteurs et gestionnaires du territoire, afin de les accompagner dans l’identification et la hiérarchisation des enjeux de biodiversité. L’IQE, en évaluant la biodiversité et la fonctionnalité écologique à l'échelle d'un site, vise trois grands objectifs :

2005. Quatre communes, dix associations de chasse, un syndicat mixte et un groupement foncier agricole déposent un recours en annulation contre le périmètre Natura 2000 du site de l’étang de Mauguio (Hérault). Motifs : incohérence du périmètre, et absence d’inventaire spécifique préalable. À cette date, le site déjà proposé pour intégrer le réseau Natura 2000 est désigné comme zone de protection spéciale.

On sait aujourd’hui qu’un faible pourcentage d’espèces exotiques devient envahissant et pose problème : sur quelque 100 espèces introduites, 10 en général se maintiennent et une seule prolifère. Une partie des espèces introduites s’adapte difficilement au nouvel habitat qu’on leur impose : elles peuvent alors disparaître très vite ou rester cantonnées là où on les a introduites, c’est-à-dire très souvent dans les parcs et jardins. Seules les espèces agressives sur le plan démographique doivent être contrôlées, or on sait rarement maîtriser leur extension.

L’Instrument Financier pour l’Environnement-nature, Life-nature, contribue à la mise en œuvre des deux célèbres directives communautaires Oiseaux et Habitats et notamment à la constitution du réseau européen d’espaces protégés Natura 2000. Il finance la gestion et la conservation in situ des espèces faunistiques et floristiques et des habitats les plus remarquables de l’Union européenne (les Zones de protection spéciales de la directive Oiseaux et les Sites d’intérêt communautaire de la directive Habitats).