VVivant dans les tourbières de transition, la Saxifrage oeil-de-bouc trouve son optimum dans les milieux pauvres en nutriments avec une circulation permanente d’eau moyennement minéralisée. Hyperspécialisée et faiblement compétitive, cette espèce n’aime ni l’excès, ni le manque d’eau, ce qui la rend particulièrement fragile. Lorsque la nappe d’eau est haute, certaines espèces à croissance rapide comme les sphaignes, finissent par la faire disparaître. Si, au contraire, la nappe est trop basse, ce sont les graminées qui prennent le dessus en l’étouffant.

Bannies de leurs habitats que sont les moissons d’hiver sous la pression d’une agriculture plus intensive, les plantes messicoles se sont raréfiées jusqu’à disparaître totalement de certaines régions de France métropolitaine. Alors que les cultures sur sols maigres, vouées à la consommation par le bétail de l'exploitation agricole sont encore des milieux favorables pour elles, à l’autre extrême, les plaines de grande culture ont été désertées par ce groupe de plantes annuelles, noyé dans le vaste ensemble des « mauvaises herbes ». 

La mauvaise santé du lapin pose des problèmes pour la conservation de certaines espèces emblématiques. C’est le cas, en zone méditerranéenne (d’où le lapin est originaire), des prédateurs spécialistes ou fortement dépendants, tels le lynx ibérique, l’aigle impérial en Espagne, ou l’aigle de Bonelli en France. C’est également le cas, sur le littoral atlantique, du lézard ocellé qui utilise les terriers du lapin. La baisse de la pression de pâturage du lapin sur la végétation a aussi eu des répercussions sur la biodiversité et la dynamique de certains écosystèmes (dunes, pelouses).

Chaque site Natura 2000 fait l’objet d’un document d’objectifs. Sa procédure d’élaboration, telle qu’elle est prévue par les textes, laisse une large place à la concertation, dans le but d’aboutir à un document plus négocié qu’imposé. Cette concertation est organisée au travers du comité de pilotage Natura 2000, obligatoirement associé à l’élaboration du document, et dont la composition est arrêtée par le préfet du département (ou le commandant de la région terre si le site relève entièrement du ministère de la Défense).