Une directive impose à l’État un résultat à atteindre, en lui laissant le choix de la forme et des moyens, mais n’a pas d’effet juridique direct sur le citoyen tant qu’elle n’a pas été transposée en droit interne.
En France, la transposition des dispositions européennes sur la protection des habitats a été opérée par l’ordonnance du 11 avril 2001 et deux décrets d’application, intégrés dans la partie législative du code de l’Environnement* et dans la partie réglementaire du code rural*. Ces textes ont ainsi donné une existence juridique aux sites Natura 2000 et défini le cadre de leur gestion et de leur protection : ces sites doivent faire l’objet de mesures pour conserver ou rétablir les habitats naturels, et prévenir leur dégradation, en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et des particularités locales.
Reste à connaître la nature de ces mesures et leurs incidences sur le citoyen.
L’élément clé en est le Document d’objectif (docob) arrêté pour chaque site par le préfet, en concertation avec les acteurs locaux. Il définit les orientations de gestion et de conservation du site, les modalités de leur mise en œuvre et les dispositions financières d’accompagnement. Outil de diagnostic, d’orientation et de référence pour les acteurs publics et privés intervenant sur le site, le DOCOB ne constitue pas un outil de police administrative. Il ne prévoit pas, par exemple, d’interdictions directement applicables au citoyen.
Pour l’application des orientations fixées dans le DOCOB, l’État a clairement affiché sa volonté de donner la priorité aux mesures contractuelles. Un « contrat Natura 2000 » peut être conclu entre le préfet et le titulaire d’un droit réel ou personnel (propriétaire, titulaire d’un bail rural…) sur la parcelle concernée. Il n’a d’effet qu’entre les parties signataires et définit les prestations à fournir par le bénéficiaire pour assurer la conservation du site, ainsi que la nature et les modalités des aides de l'État.
Des mesures de nature réglementaire (interdiction ou soumission à autorisation de certaines activités), s’imposant à l’ensemble des citoyens, peuvent par ailleurs être applicables sur un site Natura 2000 par le biais d’outils juridiques déjà existants dans le droit français. Le classement en parc national, en réserve naturelle, en site classé, ou l’intervention d’un arrêté de protection de biotope en font partie.
Ajoutons que tout projet de travaux publics ou privés, non prévu dans un contrat Natura 2000 et soumis à un régime d’autorisation ou d’approbation administrative, doit faire l’objet d’une évaluation de ses incidences s’il est de nature à affecter notablement un site Natura 2000. Faute de quoi des sanctions administratives, comme l’ordre de remise en état des lieux, peuvent être prononcées. L’évaluation peut conduire à ne pas délivrer l’autorisation ou à imposer des mesures compensatoires.