Chaque site Natura 2000 fait l’objet d’un document d’objectifs. Sa procédure d’élaboration, telle qu’elle est prévue par les textes, laisse une large place à la concertation, dans le but d’aboutir à un document plus négocié qu’imposé. Cette concertation est organisée au travers du comité de pilotage Natura 2000, obligatoirement associé à l’élaboration du document, et dont la composition est arrêtée par le préfet du département (ou le commandant de la région terre si le site relève entièrement du ministère de la Défense).
Mais la théorie reste à mettre en pratique. En effet, tous les acteurs impliqués n’ont pas tous l’assurance d’être systématiquement représentés au sein de ce comité.
Certains en sont membres de droit : c’est le cas des collectivités territoriales concernées ou de leurs groupements, ainsi que des propriétaires et exploitants de biens ruraux compris dans le site, par l’intermédiaire de représentants. Mais, à ce sujet, les préfets vont peut-être parfois être confrontés à un sérieux casse-tête : assurer la représentation des propriétaires, sur les sites morcelés en de multiples propriétés, peut être difficile en l’absence d’organisation représentative.
Sont également membres de droit le commandant de la région terre ou le préfet si le site inclut pour partie ou entièrement des terrains relevant du ministère de la défense.
D’autres acteurs en revanche, ne seront présents au sein du comité de pilotage que si le préfet les y a invité : c’est le cas des représentants d’associations de protection de la nature, de concessionnaires d'ouvrages publics, de gestionnaires d'infrastructures, des organismes consulaires, des organisations professionnelles agricoles et sylvicoles, des organismes exerçant leurs activités dans les domaines de la chasse, de la pêche, du sport et du tourisme. Cette liste est fixée de manière non exhaustive par les textes. Sont aussi susceptibles d’être concernés, tous autres gestionnaires ou usagers du site.
Le préfet dispose donc de souplesse et d’une certaine liberté quant au choix des différents acteurs invités au sein du comité de pilotage, dans l’objectif affiché d’adapter la concertation aux spécificités locales. Mais l’objectif reste à être traduit concrètement sur le terrain. Ceci d’autant plus que le DOCOB ne fait pas l’objet d’une enquête publique. Il
n’est que mis à disposition du public, une fois arrêté par le préfet, dans les mairies concernées par le périmètre du site.