Le fonctionnement du littoral camarguais a été perturbé par les nombreux aménagements sur le Rhône et son bassin versant (barrages, endiguement), ainsi que sur le littoral avec la multiplication des ouvrages de défense contre l’érosion.

La tempête Xynthia, par les dégâts humains et économiques générés sur le littoral atlantique, a déclenché une politique publique de défense contre les inondations (Programmes d’actions et de préventions des inondations, Plan submersions rapides). La baie de l’Aiguillon est une vaste surface de vasières et de prés salés accueillant de nombreux oiseaux d’eau migrateurs et hivernants située à l’aval du Marais poitevin. Elle est bordée de digues dont un linéaire important est intégré dans le périmètre de la réserve.

Depuis des millénaires, le climat de la planète change, façonnant et structurant les espaces naturels, mais aussi l’utilisation que nous en faisons ainsi que les biens et les bénéfices que nous en tirons. Les changements climatiques actuels ne sont donc pas exceptionnels par leur amplitude, mais plutôt par le laps de temps sur lequel ils se déroulent. En effet, la température moyenne à la surface du globe augmente depuis 1861.

Certains paramètres évoluent lentement : par exemple, hausse de températures moyennes, de l’ordre de 0,2 °C par décennie, hausse du niveau marin, de l’ordre de 3 mm/an se traduisant dans certaines conditions par un déplacement de trait de côte de 30cm/an, évolution des précipitations moyennes. Les extrêmes peuvent être affectés : canicules, sécheresses, intensité maximale de précipitations, par exemple.