Mettre en oeuvre une démarche d’évaluation de l’état de conservation des habitats est requis dans une diversité de contextes, que ce soit pour répondre à la demande européenne ou dans le cadre des plans de gestion des espaces qui y sont soumis. Dans le cadre de la directive Habitat, les critères d’évaluation font référence à l’aire de répartition naturelle, aux évolutions de la surface de l’habitat, à l’état de conservation des espèces caractéristiques (structure et fonctionnement) et aux pressions.

L’interrogation sur les fonctions des réserves naturelles dans les territoires n’est pas une préoccupation récente. Dès les années 1980, alors que la première vague de décentralisation s’instaure et que les accidents écologiques se multiplient, les problèmes environnementaux commencent à se populariser. De nouvelles mesures sont mises en place (lois Montagne et Littoral) et le nombre de réserves naturelles ne cesse d’augmenter.

Dans la nuit du 27 décembre 1999, une tempête exceptionnelle s’abat sur les côtes atlantiques de la France. Dans l’estuaire de Gironde, les digues d’un polder agricole de 190 hectares cèdent, les eaux envahissent les terres. Des terrains agricoles poldérisés, où était pratiquée une agriculture intensive, ne sont plus protégés des variations de niveau de la Gironde et deviennent difficilement exploitables.

L’établissement de listes rouges représente un élément clé des stratégies visant à attirer l’attention sur les espèces les plus menacées. Pour ce faire, l’UICN a proposé une méthode devenue incontournable. Elle permet de quantifier le risque d’extinction sur la base de critères objectifs et autorise une hiérarchie en cinq catégories. Mais la mise en œuvre de cette méthode rencontre des écueils : certains groupes, comme les plantes, sont très riches en espèces et les données concernant leurs tendances évolutives ne sont documentées que pour quelques-unes d’entre elles.