Organisés autour de la biodiversité, les observatoires peuvent être qualifiés d'observatoires « de contexte » ou « de société ». Le portage de ces observatoires par des structures impliquant directement des élus locaux (collectivités territoriales, syndicats mixtes...) apparaît comme un facteur de réussite. À ce jour, onze observatoires de la biodiversité à l’échelle de territoires de projet sont dénombrés :

Un développement important de plantations boisées peut contribuer à un mitage de l’espace, à une banalisation des paysages, à un appauvrissement de milieux remarquables ouverts. Parfois même, il en résulte un développement anarchique avec pour conséquence une réduction significative des espaces à vocation agricole. D’autres fois, en revanche, les essences et leur lieu d’implantation contribuent à renforcer une trame écologique.

Entre les services d’État des Affaires maritimes et les gestionnaires d’aires marines, les incompréhensions perdurent encore. On aurait d’un côté les défenseurs du pêcheur contre ceux du poisson ? ! Ne le nions pas : les approches sont différentes. Confrontés à des soucis quotidiens, les gestionnaires d’une aire marine protégée attendent de l’administration d’État une assistance technique et juridique parfois, des contrôles toujours.

Les contrats d’objectifs concernent les administrations et les établissements sous tutelle d’État. Fin 2001, 38 % de ces établissements avaient contractualisé leurs relations avec l’État et cette pratique tend encore à se généraliser.
Effectivement elle comporte nombre d’avantages parmi lesquels un meilleur pilotage de l’action publique en toute transparence.
Le principe général consiste à encadrer la plus grande autonomie de gestion qui sera accordée en 2006 aux établissements de l’État par la loi d’orientation et de finance (la LOLF).

L'accord est divisé en deux parties. Le texte de l'accord proprement dit présente les principes, le cadre légal et les clauses, tandis que le plan d'actions décrit les opérations de conservation à entreprendre dans différents domaines (conservation des espèces et des habitats, gestion des activités humaines, recherche, suivi, éducation, sensibilisation…). La liste des espèces concernées et leur statut de conservation figurent également en annexe.

L’Instrument Financier pour l’Environnement-nature, Life-nature, contribue à la mise en œuvre des deux célèbres directives communautaires Oiseaux et Habitats et notamment à la constitution du réseau européen d’espaces protégés Natura 2000. Il finance la gestion et la conservation in situ des espèces faunistiques et floristiques et des habitats les plus remarquables de l’Union européenne (les Zones de protection spéciales de la directive Oiseaux et les Sites d’intérêt communautaire de la directive Habitats).