En mer, plusieurs polices doivent être mises en oeuvre et coordonnées, au regard des objectifs fixés par les politiques environnementales, notamment les polices au titre du Code de l’environnement et les polices connexes des usages en mer.

Ce n’est qu’en 1951 qu’est découverte une population d’albatros du genre Diomedea sur l’île Amsterdam, île subtropicale française de l’océan Indien. Elle sera décrite comme appartenant à une espèce à part entière en 1983 et nommée Albatros d’Amsterdam, Diomedea amsterdamensis. Cette nouvelle espèce endémique est alors au bord de l’extinction avec moins d’une dizaine de couples. Dès lors, des efforts sont entrepris pour protéger et restaurer l’espèce. Aujourd’hui, ses effectifs ne cessent d’augmenter. Au niveau mondial, les oiseaux marins constituent un groupe particulièrement vulnérable.

Avec une pirogue à voile, on peut faire beaucoup de choses : du transport écologique, de l'éducation à l'environnement, de la gestion de milieu, et même de la recherche scientifique. Le tout de façon durable, en faisant revivre un savoir-faire ancestral. Va’a Motu espère sensibiliser les habitants à l’utilisation d’embarcations à voile parfaitement adaptées à l’environnement de ses atolls. De plus, et c’est vraiment le coeur du projet, naviguer à la voile sans émission carbone, c'est une façon d'être en accord parfait avec l’éthique de la Réserve de biosphère.

Sur l’île de Bagaud, le rat noir et la griffe de sorcière présentent d’importantes populations. Ces espèces exogènes envahissantes sont responsables de profondes modifications de la faune et de la flore indigènes ; c’est pourquoi, en 2010, le Parc national de Port-Cros a lancé un programme expérimental de restauration écologique (1) de l’île grâce à l’éradication de certaines espèces invasives. Planifié sur dix ans, ce projet est placé sous la responsabilité scientifique de l’Institut méditerranéen de biodiversité et d’écologie.